Die heutigen Impfstoffe sind in der Regel sehr gut verträglich. Treten Nebenwirkungen auf, so sind sie meist leicht und von kurzer Dauer.

Impfungen, die mit einer Spritze verabreicht werden, können eine gerötete Schwellung und leichte Schmerzen an der Einstichstelle hinterlassen. Darüber hinaus fühlen sich viele nach einer Impfung etwas schwach oder sogar ein wenig krank. So können Impfungen beispielsweise erhöhte Temperatur, Kopf- und Gliederschmerzen, Abgeschlagenheit, Husten sowie Magen- und Darm-Beschwerden hervorrufen.

Bei Lebendimpfungen, wie z.B. der Impfung gegen Masern, tritt zudem gelegentlich eine schwache Form der Krankheit auf, gegen die geimpft wurde. In seltenen Fällen verursachen Impfungen allergische Reaktionen.

Schwere Komplikationen oder auch Todesfälle sind sehr selten, so dass die Gefahr, ungeimpft an einer lebensbedrohlichen Krankheit zu erkranken, wesentlich größer ist als das Impfrisiko. Ausgenommen sind Personen, die aus bestimmten Gründen, z.B. bei allergischer Reaktion auf Bestandteile des Impfstoffes, ein erhöhtes Risiko für schwere Komplikationen tragen.